Σύγχρονος με το ναό είναι ο νάρθηκας στη δυτική πλευρά, ενώ λίγο αργότερα προστέθηκε εξωνάρθηκας (ή προστώο) με όροφο. Μετά από σοβαρές βλάβες που προκάλεσε ισχυρός σεισμός κατά τη διάρκεια της Φραγκοκρατίας (13ος-14ςο αι.), οι Κιστερκιανοί μοναχοί (μοναστικό τάγμα της Ρωμαιοκαθολικής εκκλησίας), στους οποίους είχε παραχωρηθεί η Μονή από το δούκα των Αθηνών, Όθωνα ντε λα Ρος, έκαναν εκτεταμένες ανακατασκευές στον εξωνάρθηκα, ο οποίος τότε απέκτησε τη σημερινή του μορφή, με τα οξυκόρυφα τόξα στην πρόσοψη και τις επάλξεις στον όροφο. Δυτικά του εξωνάρθηκα στους όψιμους χρόνους της Τουρκοκρατίας (18ος αι.;) προσκολλήθηκε κτίσμα, με την αψίδα του Ιερού προς Βορράν, πιθανόν Τράπεζα.
Μετά την κατάληψη της Αθήνας από τους Τούρκους, το 1458, το μοναστηριακό συγκρότημα αποδόθηκε και πάλι στους ορθόδοξους μοναχούς, οι οποίοι, πιθανότατα το 16ο αιώνα, οικοδόμησαν περιμετρικά της μικρής αυλής νότια του καθολικού διώροφα κτήρια με κελιά, τράπεζα, αποθήκες και στοά. Κατά την Επανάσταση του 1821 η Μονή χρησιμοποιήθηκε περιστασιακά ως φρουραρχείο. Με την ίδρυση του Νεοελληνικού Κράτους (1830) ερημώθηκε και τελικά εγκαταλείφθηκε, αφού στέγασε για μικρό χρονικό διάστημα στρατώνα των Βαυαρικών στρατευμάτων (1838-1839) και το Δημόσιο Ψυχιατρείο (1883-1885).