Η συλλογή εκθεμάτων του Μουσείου περιλαμβάνει κυρίως ευρήματα που προέρχονται από τις ανασκαφές στο χώρο του Ιερού της Δήμητρας και Κόρης, και δευτερευόντως ταφικό υλικό από το λεγόμενο Δυτικό Νεκροταφείο, την κυριότερη νεκρόπολη της Ελευσίνας, και από το Νότιο Νεκροταφείο, μια εκτεταμένη νεκρόπολη των πρώιμων Ιστορικών χρόνων στη νότια κλιτύ της ακρόπολης. Τα αρχαιολογικά εκθέματα χρονολογούνται από τους προϊστορικούς έως και τους ύστερους ρωμαϊκούς χρόνους. Το Αρχαιολογικό Μουσείο Ελευσίνας είναι προσωρινά κλειστό γιατί εκπονείται η εφαρμογή Μουσειολογικής – Μουσειογραφικής μελέτης επανέκθεσης.